筆記作為思想方法，有三個功能迥異的階段，分別是：採集資料、構築觀點、回溯記憶。三個階段所需要的工具不同，關注的重點也不同。
一、採集資料
實用的業務知識、會議的逐字流水、課堂的知識要點、文章的精華摘錄、偶遇的吉光片羽、瞬間的靈光乍現⋯⋯。任何遇見時若有所感，卻還來不及理出頭緒、找到意義的事物，全都暫且記錄下來。
靈光易逝，而短期記憶往往不可靠，因此採集資料時的關鍵在於迅速，並且最怕阻礙。任何妨礙記錄的東西，都要設法排除。動念與著手記錄之間，最好不要超過五秒。
用來採集的本子必須小，以至隨身可攜，隨手可取。採集的內容卻不必囿於形式，要是因為形式不符而放棄記錄，捨本逐末。
採得的資料最好統一放在一個地方，並非貯藏，暫放而已。
二、構築觀點
得空務必整理資料，每週最好安排特定的時間來處理：用自己的話語轉述概念，另外記下；資料來源則編列清單，以供參考。
一個概念獨立成篇，賦予索引，才是一則筆記。接著，在筆記系統中規範單一筆記的位置，再在各別的位置上分辨彼此的關係。相關的兩篇連成線，篇篇互留線索；類似的數篇形成面，面面或有交疊。加以分類，漸漸展開為一片圖景。
構築圖景，同時釐清頭緒；愈梳理應該要愈明晰，直至豁然澈悟，然後才歸檔。歸檔的筆記可以修改，卻不宜擅自挪動，好充分利用視覺記憶。
圖景既成，注視那圖景的是筆記者的視野，於是圖景便成了他的觀點。
三、回溯記憶
做筆記是為了服務未來的自己，屆時自己增了經驗卻淡了記憶，所以筆記切忌繁瑣，要易讀易懂，重點在於回溯已經理解過的思想以及理解的過程；若是必須重頭閱讀，那麼筆記效果已失，須再次處理原資料。
筆記系統的最終目的在於取用，好的筆記更能創造偶遇的良機。已知有而欲取，關鍵在便於檢索，因此所有的筆記須存於一處。未知有而偶遇，關鍵在提供指引，所以彼此的連結不能丟失。
宏觀須見全局，微觀不失線索，才稱得上理想的筆記。